PCR: Γιατί κάποια τεστ δεν ανιχνεύουν την μετάλλαξη Ομικρον - Το γονίδιο που την «κρύβει»

Η μετάλλαξη Ομικρον φαίνεται πως ξεφεύγει από ορισμένα PCR και δεν ανιχνεύεται, σύμφωνα με τον ΕΟΔΥ.

Συγκεκριμένα, στην επιδημιολογική έκθεση για τις 7/12, σημειώνει πως ορισμένα μοριακά τεστ δεν ανιχνεύουν το γονίδιο S, με αποτέλεσμα να χρειάζεται περαιτέρω έλεγχος για να διαπιστωθεί, εάν κάποιος νοσεί με το καινούργιο στέλεχος του ιού.

Χαρακτηριστικά, αναφέρει πως η μετάλλαξη Ομικρον (B.1.1.529/BA.1) χαρακτηρίζεται από την παρουσία μιας διαγραφής νουκλεοτιδίων, της διαγραφής 69-70 (del69-70) στο γονίδιο S (Spike) του ιού. Η διαγραφή αυτή έχει ως αποτέλεσμα την αδυναμία ενίσχυσης ενός εκ των τριών γονιδιακών στόχων, του γονιδίου S, σε συγκεκριμένη εμπορικά διαθέσιμη διαγνωστική δοκιμασία μοριακού ελέγχου (RT-PCR), που εφαρμόζεται σε ορισμένα εργαστήρια στη χώρα μας και ευρύτερα αγκοσμίως. Επιπλέον, προκαταρκτικός έλεγχος για πιθανά κρούσματα του στελέχους Ομικρον, πραγματοποιείται και με εναλλακτικά πρωτόκολλα μοριακού ελέγχου (RT-PCR), που στοχεύουν στην ύπαρξη συγκεκριμένων μεταλλάξεων σε διαφορετικές περιοχές του γονιδίου S, οι οποίες είναι ειδικές για το στέλεχος Ομικρον.

Μάλιστα, θετικά δείγματα που έχουν ελεγχθεί με τα συγκεκριμένα πρωτόκολλα μοριακής διάγνωσης και χαρακτηρίζονται από αδυναμία ενίσχυσης του γονιδίου S, εγείρουν ισχυρή υποψία ότι πρόκειται για πιθανά κρούσματα της μετάλλαξης Ομικρον (B.1.1.529/BA.1) στην παρούσα φάση της πανδημίας. Η αξιολόγηση του συγκεκριμένου μοριακού ευρήματος κατά τον μοριακό έλεγχο (αδυναμία ενίσχυσης του γονιδίου S) επιτρέπει μια προκαταρκτική εκτίμηση σε πραγματικό χρόνο της επίπτωσης της Ομικρον (B.1.1.529/BA.1) στο σύνολο των θετικών μοριακών ελέγχων. Η ακριβής εκτίμηση της επίπτωσης της Ομικρον μπορεί να γίνει μόνον με την αλληλούχιση του πλήρους γονιδιώματος του ιού από αντιπροσωπευτικά θετικά δείγματα (γονιδιωματική επιτήρηση).

Παρόλα αυτά, σύμφωνα με τον Παγκόσμιο Οργανισμό Υγείας, η απουσία ανίχνευσης του γονίδιου S, δεν πρέπει να εγείρει ανησυχίες.

Σύμφωνα με τον ΠΟΥ, η απουσία του συγκεκριμένου γονιδίου πλέον, σημαίνει ότι ο ασθενείς νοσεί με Ομικρον, οπότε μπορεί να εντοπιστεί πιο εύκολα το καινούργιο στέλεχος.

Συγκεκριμένα, αναφέρει το εξής:

«Τα τρέχοντα διαγνωστικά SARS-CoV-2 PCR συνεχίζουν να ανιχνεύουν αυτήν την παραλλαγή. Πολλά εργαστήρια έχουν υποδείξει ότι για μια ευρέως χρησιμοποιούμενη δοκιμή PCR, ένα από τα τρία γονίδια-στόχους δεν ανιχνεύεται (που ονομάζεται αποτυχία γονιδίου S ή αποτυχία στόχου γονιδίου S) και επομένως αυτή η δοκιμή μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως δείκτης για αυτήν την παραλλαγή, εν αναμονή της επιβεβαίωσης αλληλουχίας. Χρησιμοποιώντας αυτήν την προσέγγιση, αυτή η παραλλαγή έχει ανιχνευθεί με ταχύτερους ρυθμούς από προηγούμενες αυξήσεις μολύνσεων»

Πίνακας του ΕΟΔΥ με το ποσοστό θετικών δειγμάτων SARS-CoV-2 με αδυναμία ενίσχυσης του γονιδίου S (S-gene-dropout) (σύνολο δειγμάτων=9.449) στο σύνολο των θετικών μοριακών ελέγχων (σύνολο θετικών μοριακών ελέγχων=15.065) από 6 εργαστήρια της χώρας, 20 Δεκεμβρίου 2021-05 Ιανουαρίου 2022:

Πηγή: iEidiseis.gr