Είκοσι μέτρα κάτω από την επιφάνεια του εδάφους και με νερά που φτάνουν σε βάθος από δέκα έως τριάντα μέτρα, το λιμνοσπήλαιο της Μελισσάνης είναι ένα από τα πιο εντυπωσιακά δημιουργήματα της φύσης, στην ούτως ή άλλως πανέμορφη και ενδιαφέρουσα Κεφαλονιά.
Βρίσκεται σε μικρή απόσταση από τη Σάμη και η φυσική είσοδος του σπηλαίου δημιουργήθηκε από την πτώση μέρους της οροφής του. Έτσι, είναι κατακόρυφη και έχει διαστάσεις περίπου 40 επί 50 μέτρα. Η επίσκεψη στη Μελισσάνη είναι εφικτή μέσω τεχνητής εισόδου με σκαλοπάτια και μεγάλο υπόγειο διάδρομο.
Με βάρκες, η ξενάγηση αρχίζει από το «ανοιχτό» μέρος του σπηλαίου, εκεί όπου λείπει μέρος της οροφής και μπαίνει φυσικό φως, και συνεχίζεται στα σκεπασμένα μέρη του, ανάμεσα από σταλακτίτες χιλιάδων ετών, που συνθέτουν τον εκπληκτικό φυσικό διάκοσμο.
Στο κέντρο της λίμνης υπάρχει κι ένα μικρό νησάκι. Τα ευρήματα που ανακαλύφθηκαν εκεί αποτυπώνουν τη λατρεία του θεού Πάνα και την παρουσία των Νυμφών. Για τον λόγο αυτό η Μελισσάνη ονομάζεται και Σπήλαιο των Νυμφών.
